由于信息技术领域相关业务专业性较强，且技术开发服务、软件服务的判定并非泾渭分明，部分软件开发企业承接软件开发业务，在科技部门办理技术合同认定登记后，想当然地将软件服务混同于技术开发服务，并享受增值税免税优惠，存在少缴增值税风险。
案例
A公司是一家专门从事信息技术服务、软件开发服务的公司，属于增值税一般纳税人。2021年4月，A公司与B公司签订合同，为B公司提供管理系统升级改造、监测系统开发服务，合同标的845万元。合同签订后，A公司到省科技厅办理了该合同的技术合同认定登记，并报主管税务机关备查。
相关服务完成后，B公司按约定向A公司支付了845万元。A公司向B公司开具了增值税普通发票，并按“技术转让、技术开发免征增值税(减免税代码0001021203)”，将取得的收入申报为增值税免税收入。税务人员在检查时认为，A公司这笔收入不符合免税范围，应按照“软件服务”项目计算缴纳增值税。
企业观点
A公司认为，根据《科学技术部关于印发〈技术合同认定规则〉的通知》(国科发政字〔2001〕253号)，其附件《技术合同认定规则》第二十三条明确，技术改造项目和信息技术的研究开发项目，对应的合同属于技术开发合同。其中，信息技术研究开发项目包括语言系统、过程控制、管理工程、特定专家系统、计算机辅助设计、计算机集成制造系统等，但不包括软件复制和无原创性的程序编制。其向B公司提供的管理系统升级改造、监测系统开发服务，属技术开发的范畴。
依据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条的规定，纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税。试点纳税人申请免征增值税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，并持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明文件，报主管税务机关备查。由于上述合同已在省科技厅进行了技术合同认定登记，其收入应免征增值税。
税务局观点
要判断A公司的这笔收入是否免征增值税，不能仅看服务合同是否已经在科技部门备案登记，首先需要判断A公司为B公司提供的服务是技术开发服务，还是软件服务。只有技术开发服务，才符合免征增值税政策的规定，否则，应计算缴纳增值税。
从业务实质上分析，A公司提供的服务，应属于软件服务的范畴。财税〔2016〕36号文件附件1《销售服务、无形资产、不动产注释》明确规定，研发服务，也称技术开发服务，是指就新技术、新产品、新工艺或者新材料及其系统进行研究与试验开发的业务活动。而软件服务是指提供软件开发服务、软件维护服务、软件测试服务的业务活动。从业务实质上看，A公司向B公司提供的管理系统升级改造和监测系统开发服务，不是新技术及其系统的研究开发，而是软件的升级改造和开发服务，不属于研发服务，而应该是软件服务。
相应收入免税与否，应以税收政策规定为依据。虽然该合同已经在省级科技部门认定为技术合同，但按《销售服务、无形资产、不动产注释》规定，A公司提供的服务属于软件服务，不能免税。同时，虽然A公司的相关减免税资料已报主管税务机关备查，但是否符合免税条件由纳税人自行判别、风险自担，税务机关通常采用诚信推定原则，只进行资料的完整性审查，事后发现不符合减免税条件的，税务机关仍有权追征税款。
最终，经税务人员宣传辅导，A公司主动补缴了税款。
风险提示
软件开发企业对承接的业务，应结合具体业务性质，判定其是否符合技术开发服务。即使符合科技部门《技术合同认定规则》，被科技部门认定为技术开发合同，在税务处理时，还是应该结合税收政策的规定，判断是否符合免征增值税条件，防范少缴增值税风险。
《中国税务报》2022年07月22日，版次：07(作者单位：国家税务总局定西市税务局，国家税务总局兰州经济技术开发区税务局)
2011年4月的解答——
软件产品与软件服务流转税上的政策区别
问：如何区分软件产品和软件服务，是否软件产品缴纳增值税，软件服务缴纳营业税？
答：《财政部、国家税务总局关于贯彻落实〈中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》（财税字[1999]273号）规定： 相关解答——财税字[1999]273号文件的有关疑问
计算机软件产品是指记载有计算机程序及其有关文档的存储介质（包括软盘、硬盘、光盘等）。对经过国家版权局注册登记，在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。
因此，软件产品是指记载有计算机程序及其有关文档的存储介质。销售软件产品时，不转让著作权、所有权的，应缴纳增值税；销售转件产品，一并转让著作权、所有权的，缴纳营业税。
软件服务一般是伴随软件产品产生的，是对软件产品使用过程中，提供的维护等劳务。
《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）第十一条规定，关于计算机软件产品征收增值税有关问题：
（二）纳税人销售软件产品并随同销售一并收取的软件安装费、维护费、培训费等收入，应按照增值税混合销售的有关规定征收增值税，并可享受软件产品增值税即征即退政策。
对软件产品交付使用后，按期或按次收取的维护、技术服务费、培训费等不征收增值税。
（三）纳税人受托开发软件产品，著作权属于受托方的征收增值税，著作权属于委托方或属于双方共同拥有的不征收增值税。
根据上述规定，软件服务费应依具体情形判断缴纳增值税还是营业税。与销售软件产品一并收取的，应缴纳增值税；软件产品交付使用后，按期或按次收取的，属于《营业税税目注释》中的服务业应税劳务，应缴纳营业税。