如有一组转录组测序结果的文档：
每个文档是这样的（这里用excel打开方便了解数据结构）：
我们需要提取每个文档中的expected_count，也就是第5列的数据。
1、 提取单个文档中的某一列1.1 提取文档中的第5列，并查看：less -S ERR1234561.genes.results | awk '{print $5}' | less -Sawk '{print $5}' 指提取第五列
1.2 提取文档中的第5列，并输出到新的txt文档：awk '{print $5}' ERR1234561.genes.results >ERR1234561.counts.txt1.3 提取文档中的第5列，将列名expected_count修改为ERR1234561，输出到新的txt文档：awk '{print $5}' ERR1234561.genes.results | sed '1s/expected_count/ERR1234561/' >ERR1234561.counts.txtsed '1s/expected_count/ERR1234561/指将第一行的expected_count改为ERR1234561
1.4 提取文档中的第5列，按第1列排序，将列名expected_count修改为ERR1234561，输出到新的txt文档：less -S ERR1234561.genes.results | sort -k 1 | awk '{print $5}' | sed '1s/expected_count/ERR1234561/' >ERR1234561.counts.txtsort -k 1 指按第1列排序
1.5 提取第五列awk '{print $5}'也可以用cut -f 5：less -S ERR1234561.genes.results | sort -k 1 | cut -f 5 | sed '1s/expected_count/ERR1234561/' >ERR1234561.counts.txt2 、提取每个文档的第5列2.1 利用while循环将每个文档的提取命令写入subset.sh，方法1ls *.genes.results | while read iddo echo "less -S ${id} | cut -f 5 | sed '1s/expected_count/${id}/' >${id}.counts.txt"done > subset.sh执行sh命令，输出文档（此时输出后缀.counts.txt的多个单独文档)
sh subset.sh 1>subset.log 2>&1 &1 表示stdout标准输出，2 表示stderr标准错误
此处1>subset.log指标准输出至subset.log，2>&1 也就表示将错误重定向到标准输出1上，也就还是subset.log。
结尾&表示后台运行。
2.2 利用while循环将每个文档的提取命令写入subset.sh，方法2由于提取单个文档的也可以这么写：
cut -f 5 ERR1234561.genes.results | sed '1s/expected_count/ERR1234561/' >ERRERR1234561.counts.txt提取多个文档也可以这么写：
ls *.genes.results | while read iddo echo "cut -f 5 ${id} |sed '1s/expected_count/${id}/' >${id}.counts.txt"done > subset.sh执行sh命令，输出相应文档：
sh subset.sh 1>subset.log 2>&1 &3、按列合并（合并列）：按列合并（此时没有行名），输出名为merge.txt的文档：
paste *.counts.txt>merge.txt提取行名，即文档的第一列，输出名为rownames.txt的文档：
cut -f 1 ERR1234561.genes.results >rownames.txt由于每个文档的基因ID是一样，提取其中一个文档的第一列就可以了。
当然要保证每个文档的基因ID顺序是一样的。
将行名加入上述合并数据的文档（实际上还是合并数据）：
paste rownames.txt merge.txt >merge2.txt4、若需按行合并（合并行，不适用于