因此，微生物组成上的改变促进了孕期的肥胖以及血糖含量的升高。怀孕期间普遍发生的这类现象是有道理的，母亲储备的能量越多，她们后代存活下来的概率就越大。
不过，这个过程的一个后果是有些孕妇患了妊娠糖尿病。她们承受不住增加的体重，身体发生了紊乱。大多数时候，这一病情都比较缓和，并且在分娩后的数周之内就能自行恢复。然而，在少数特别不幸的情况下，糖尿病会非常严重。路得·利的研究带来的一个好消息就是，有一天我们或许可以通过调控孕妇体内的肠道微生物来优化能量储备的过程，从而缓解妊娠糖尿病。比如，我们可以恢复孕妇妊娠前期的微生物，或者引入健康孕妇体内的微生物，还可以让孕妇摄入益生元(详见后文)，通过定制的食物来调节每个孕妇体内的微生物组成。如何使怀孕更加安全?这些研究为解决这个问题敞开了无数新的可能性。
随着孕妇肠道内的微生物储存能量，她们阴道内的微生物种群也开始发生変化。它们同样也在为分娩做准备。如前所述，生育期女性的阴道里充满了乳酸杆菌，正是它们使得阴道腔呈酸性。这种环境提供了一个坚固的屏障，可以抵御那些对酸性敏感的细菌。乳酸杆菌同样演化出了有效的分子武器，可以抑制甚至消灭其他细菌。
在怀孕期间，孕妇体内的乳酸杆菌生长旺盛，占据了统治地位，把其他的微生物或者潜在的入侵者都挤了出去。它们在准备着一件大事——分娩——这一刻将在怀孕的第38周或第39周来临。我们并不清楚该过程的诱因是什么，为什么有人会“提前”两周，而有人会“推迟”一周。我的推测是这个过程也同样有微生物的参与。
母亲的羊水一旦破裂，就会经过阴道流到大腿，并将细菌散布到她的周身。这股饱含着乳酸杆菌的激流迅速没过母亲的皮肤。与此同时，胎儿还在子宮内等待出生。随着分娩的进行，宮缩逐渐加剧，子宫颈充分扩张，为胎儿降生做准备。最后，一股包含着肾上腺素与催产素的“激素洪峰”涌过母亲与新生儿，婴儿出生了。
无论分娩快慢，胎儿一出生马上就接触到阴道里的乳酸杆菌。当胎儿通过阴道的时候，后者就像一只富有弹性的手掌，紧紧地包裏住婴儿柔软的身体，抚模过每一寸肌肤。就是在这个过程中，细菌转移发生了。婴儿的皮肤就像海绵，(吸收了它周围的乳酸杆菌。胎儿的脑袋朝下，而且面对着母亲的背部，恰好贴合着产道。婴儿吸入的第一口汁液包含了母亲阴道里的微生物，也不排除有一定的肠道微生物。自然的分娩并不是一个无菌的过程，但是它从来都是这种状态——从我们最早的哺乳动物祖先算起，至少7000万年了。
一旦出生，婴儿就本能地寻找母亲的乳头开始吮吸。于是，婴儿嘴上的大量乳酸杆菌就混着第一口母乳进入了体内。没有比这更完美的互动了--乳酸杆菌和其他产乳酸菌可以分解乳糖--母乳里的主要糖分，并提供能量。婴儿的第一口食物是母亲的初乳，与之后的普通母乳不同，它富含抗体，可以保护婴儿。这一系列恰到好处的组合，涉及了阴道、婴儿、口腔、乳头、母乳，一切都是为了保证新生儿肠道内的第一批微生物可以帮助胎儿消化母乳。这些微生物同样可以合成它们自己的抗生素，从而抑制其他竞争性的或者更危险的微生物在新生儿的肠道寄居。母亲阴道内的乳酸杆菌在怀孕期间大量繁殖，并成为进入婴儿无菌肠道的第一批住户，它们为随后到来的微生物种群奠定了基础。婴儿现在具备了必需的条件，可以离开母体独立生活了 。
几天之后到来的母乳为新生儿提供了